肝癌常发生在慢性C型肝炎所导致的肝硬化患者身上，肝硬化病人每年约有2－5％发展成肝癌。在日本，肝癌发生于慢性C型肝炎者比B型肝炎多，在过去10年中已增加2倍。而且肝癌发生之危险率是随肝硬化严重程度而增加，有关慢性C型肝炎及肝硬化病人接受干扰素治疗的研究发现，C型肝炎合并肝硬化病患以干扰素治疗导致肝癌之机率比没有干扰素治疗者减少。如慢性C型肝炎带原者尚未进展成肝硬化时就接受干扰素治疗，则其疗效更佳。但是失去代偿性肝硬化者（即中晚期肝硬化）则不应接受干扰素治疗，应考虑肝脏移植。

日本最早于1995年发表干扰素治疗可以降低慢性C性型肝炎导致肝癌之研究。此研究显示，以干扰素治疗3至6个月，无论病患之肝功能有无改善，经4年追踪，发现使用干扰素治疗者只有4％发生肝癌，未接受干扰素者却有25％发生肝癌。接着很多研究证实此种结果。日本有一个国家计划，比较2400位接受干扰素治疗及490位未接受干扰素治疗的C型肝炎患者，发现接受干扰素治疗者，其肝癌发生率大幅降低。日本另外一个大型研究共有1022位慢性C型肝炎病患，接受干扰素治疗，平均追踪3年，有54位罹患肝癌，其中对干扰素有完全反应者其肝癌发生率只有4.3％，短暂性反应者其肝癌发生率则为4.7％，无反应者为26.1％。另外一研究发现干扰素可以降低肝癌发生率达13％，降低死亡率达16％。